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과점주주와 간주취득세 그리고 2차 납세의무 알아보기

에이렌 2025. 5. 19. 13:02

과점주주와 간주취득세 그리고 2차 납세의무 알아보기

1. 과점주주의 개념

과점주주란 본인과 특수관계인이 합산하여 해당 법인의 발행주식 총수(또는 출자총액)의 50%를 초과해 보유하면서, 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주 집단을 말한다. 여기서 특수관계인은 배우자, 직계존비속, 형제자매, 생계를 같이하는 친족, 경제적·출자관계 등 폭넓게 포함된다.

2. 간주취득세의 구조와 적용

2-1. 간주취득세란?

간주취득세는 비상장법인의 과점주주가 된 경우, 해당 법인이 보유한 부동산·차량 등 취득세 과세대상 자산을 주주가 직접 취득한 것으로 의제하여 과점주주에게 취득세를 부과하는 제도다. 이는 부동산을 직접 거래하지 않고, 주식 거래만으로 실질적 소유권이 이전되는 것을 방지하기 위한 장치다.

과세표준: 법인이 보유한 취득세 과세대상 자산의 장부가액 × 과점주주 지분율
세율: 2.2% (농어촌특별세 포함, 일부 자산은 중과세 적용)

2-2. 법인 설립 시 100% 지분 보유의 간주취득세

법인 설립 시 대표와 특수관계인이 100% 지분을 보유하더라도, 이때는 간주취득세가 부과되지 않는다.

지방세법 특례: 법인 설립 시 발행 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우는 ‘취득’으로 보지 않으므로, 간주취득세 납세의무가 발생하지 않는다.
실무적 의미: 설립 시점에 대표와 가족 등 특수관계인이 100% 지분을 가져도, 법인이 소유한 부동산 등 자산에 대해 별도의 취득세를 내지 않는다.

추가 설명

이후 과점주주 집단(대표+특수관계인) 내에서 지분 이동만 있을 때(예: 대표→배우자, 자녀 등)도 전체 과점주주 집단의 총지분율이 변하지 않으면 간주취득세가 부과되지 않는다.
단, 과점주주 집단 외 제3자가 주식을 취득해 과점주주가 되거나, 기존 과점주주가 지분을 추가로 취득해 이전 최고 지분율을 초과하는 경우에는 그 초과분에 대해 간주취득세가 과세된다.

3. 2차 납세의무의 의미와 적용

3-1. 2차 납세의무란?

과점주주는 법인이 납부하지 못한 국세(법인세, 부가가치세 등)나 지방세가 발생했을 때, 법인의 재산으로 충당하고도 부족한 금액에 대해 자신의 지분율 한도 내에서 2차적으로 납세의무를 진다.

적용대상: 납세의무 성립일 현재 과점주주(실질적 권리 행사자)
납부한도: 본인 지분율 × 체납액(의결권 없는 주식 제외)
예시: 법인이 1억 원을 체납하고, 대표가 60% 지분을 가진 과점주주라면 최대 6,000만 원까지 2차 납세의무가 발생할 수 있다.

3-2. 실질적 경영지배 요건

2013년 이후로는 단순히 50% 초과 지분 보유만으로는 과점주주가 아니며, 실질적으로 경영을 지배하는 자만 과점주주로 본다. 즉, 주식 보유와 실질적 권리 행사가 모두 충족되어야 한다.

4. 세 제도의 상관관계와 실무적 유의점

4-1. 상호 연관성

과점주주가 되면,
- 간주취득세: 법인 설립 시에는 면제되지만, 이후 주식 추가 취득·집단 외부 유입 등으로 지분율이 증가하면 과세 가능.
- 2차 납세의무: 법인이 세금을 체납하면, 과점주주가 지분율만큼 세금을 대신 납부해야 함.
특수관계인 간의 주식 이동: 전체 과점주주 집단의 지분율이 변하지 않으면 간주취득세 과세 없음.

4-2. 실무 사례

법인 설립 시 대표와 가족이 100% 지분 보유:
- 간주취득세 없음(법인 설립 특례).
- 이후 가족 간 지분 이동만 있을 때도 과세 없음.
- 단, 외부인이 지분을 취득하거나, 기존 과점주주가 이전 최고 지분율을 초과해 추가 취득하면 그 초과분에 대해 간주취득세 과세.
- 법인 체납 발생 시, 대표와 가족 모두 2차 납세의무 부담(지분율 한도)